Unidad Académica de Bahía de Banderas
Unidad Académica de Agricultura
Unidad Académica de Ciencias Básicas e Ingenierías
Unidad Académica de Ciencias Químico Biológicas y Farmacéuticas
Unidad Académica de Contaduría y Administración
Unidad Académica de Enfermería
Unidad Académica de Medicina Veterinaria y Zootecnia
Unidad Académica de Odontología
Unidad Académica de Turismo y Gastronomía
Unidad Académica Escuela Nacional de Ingeniería Pesquera
Unidad Académica de Ixtlán del Río
Unidad Académica de Ahuacatlán
Unidad Académica de Ciencias Sociales